Die Ausbildung erfolgte neben einigen Monaten an der Johns Hopkins Universität in Baltimore (Prof. Hungerford) an der I. Orthopädischen Abteilung des Krankenhauses Gersthof in Wien. Nach Ernennung zum Oberarzt erfolgte eine einjährige vertiefte Ausbildung zum Foot [&] Ankle Fellow bei Dr. Mark Myerson in Baltimore.
Von 2003 bis 2013 baute Prof. Trnka gemeinsam mit Dr. Kristen ein fußchirurgisches Department an der chirurgischen Abteilung des Krankenhauses Göttlicher Heiland und das Fußzentrum Wien auf. Zusätzlich leitete er im Krankenhaus Göttlicher Heilend ein Wundheilungszentrum, das für seine Leistung mit dem Gesundheitspreis der Stadt Wien ausgezeichnet wurde. 2013 wurde Prof. Trnka zum Teamleiter Fußchirurgie des Orthopädischen Krankenhauses Speising ernannt.
Der Forschungsschwerpunkt liegt auf dem Gebiet der Fußchirurgie. Zahlreiche Publikationen zur Behandlung des Hallux valgus und des erworbenen Plattfußes sowie das Habilitationsthema „Metatarsalosteotomien: Biomechanik und klinische Relevanz“ belegen dies.
Prof. Trnka fungierte als Generalsekretär der europäischen Fußgesellschaft und Präsident der Österreichischen Gesellschaft für Fußchirurgie. Zurzeit ist Prof. Trnka Arbeitskreisleiter Fußorthopädie der Österreichischen Gesellschaft für Orthopädie und damit mit der theoretischen Ausbildung der Assistenten betraut.
In Rahmen seiner sportlichen Aktivitäten war Prof. Trnka Vize-Junioren-Staatsmeister in Bridge, Staffel Staatsmeister im Schwimmen der Mastersklasse und belegte im Triathlon in der Mastersstaatsmeisterschaft den 3. Platz über die olympische und Sprintdistanz. Im Triathlon vertrat Prof. Trnka Österreich bei den Europameisterschaften 2014-2016.
Im Dezember 2016 eröffnete Prof. Trnka gemeinsam mit OA Dr. Peter Bock und Dr. Karl-Heinz Kristen das Zentrum für Fußchirurgie an der Privatklinik Confraternität.
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